В системе комплексного анализа производственные факторы выявляют с точки зрения их влияния на обобщающие показатели хозяйственной деятельности, и при этом необходимо обязательно учитывать обратную связь, т.е. влияние результативных показателей на показатели которые характеризуют отдельные стороны работы предприятий. Если предположить что степень влияния использования производственных ресурсов на объем выпускаемой продукции, и вследствие на объем реализованной продукции установлена, то величина, структура реализованной продукции предприятием зависят от материальных, трудовых ресурсов, от основных фондов, квалификации работников. И впоследствии определяют их величину и структуру. При проведении системного анализа необходимо учитывать обратные связи, при возможности придав им количественную форму.

Пятый этап анализа, называется «работа с моделью». Его лучше всего делать на ПЭВМ в форме диалога. Путём замены отдельных параметров экономико-математической модели (коэффициентов, ограничений), которые характеризуют те или иные факторы производства, определяют значение функции. Строится модель системы на основе информации, которую получили на предыдущих этапах. В модель вводят данные работы, какого либо предприятия и получают в числовом выражении параметры модели.

На последнем шестом этапе анализа проводят непосредственную работу с моделью. Это значит – объективная оценка результатов хозяйственной деятельности, комплексное выявление резервов для повышения эффективности производства.

Основной ценность системного экономического анализа является то, что в процессе его проведения строится логическо-методологическая схема, она соответствует внутренним связям факторов и показателей, где открывает широкие возможности для применения математических методов и электронной вычислительной техники.