Операции по учету векселей являются для банков в значительной степени рискованными. Риск потерь связан не только с финансовым положением векселедателя, но определяется помимо этого рядом других факторов.

В частности, наблюдается информационная закрытость рынка. Эта проблема наиболее остра и связана с труднодоступностью информации о находящихся в обращении векселях, процедуре выпуска, погашении, фактах утери или хищении векселей, сводных данных, финансовой отчетности векселедателя.

Участники рынка пока не могут пользоваться общепринятой технологией совершения операций. Это связано с тем, что отсутствует унифицированный порядок выпуска и погашения векселей, проверки их на подлинность, устоявшегося документа оборота и порядка расчетов по совершаемым сделкам на вторичном рынке.

Сегодня отсутствует и торговая система или общепризнанная торговая площадка по операциям с векселями. Сделки с ними осуществляются на неорганизованном не биржевом рынке. Процедуры из заключения, совершение расчетов, передача долговых обязательств определяются индивидуально. Поэтому участники вексельного обращения практикуют различные способы исполнения сделок: на условиях предоплаты или предпоставки бумаг, закрытым или открытым индоссаментом.

Высок и риск мошенничества. Он связан с документарной формой векселя как долгового инструмента и усугубляется возможностью передачи векселей по бланковому индоссаменту, что усиливает риск злоупотребления.

При работе с векселями возникают различные коллизии по отдельным вопросам уголовного, гражданского и вексельного права. Например, существующая в рамках уголовного и гражданского прав процедура "ареста" денежных средств в обеспечении платежа или долговых обязательств, являющихся предметом спора, выступает в противоречии с нормами вексельного права. Такая ситуация делает рискованными не только активные операции банка по учету, но и пассивные – по привлечению ресурсов.

Определенный вклад в снижение степени риска по операциям с векселями могут внести принятые в рамках ассоциации участников вексельного рынка (АУВЕР) единые стандарты раскрытия информации, выпуска и погашения а также обращения векселей, обязательных для исполнения участниками ассоциации.

Следующим шагом, видимо, должна быть организация вексельной торговой площадки в рамках ассоциации. Ее создание повысит ликвидность обращающихся векселей, ускорят торговые операции, снизят риск совершаемых сделок, сократит издержки для конечных участников, это приведет к повышению "прозрачности" вексельного рынка.

Возможно, существование торговой системы без обеспечения депозитарного учета совершаемых сделок с векселями и гарантированной системы их исполнения. В этом случае, допуск к участию в торгах не может быть свободным, а должен строиться в зависимости от опыта работы компании на вексельном рынке и собственной платежеспособности.

Одной из операций, получающих развитие, является авалирование коммерческими банками векселей сторонних векселедателей. При этом банк становится солидарно обязанным по векселям и в виде компенсации за риск получает комиссионный вознаграждения. Такая операция не влечет за собой отвлечение ресурсов, но требует тщательной проработки обеспечения сделки. Чаще всего в его роли выступает залог ликвидных материальных ценностей. Тогда уровень риска по сделке для банка определяется найденным механизмом перехода права собственности или реализации залога.