Процессоры управления системой - это новый уровень, введенный в SWIFT-2. Они расположены в операционных центрах и используют компьютеры фирмы Unisys. Это единственный архитектурный уровень, не занятый обработкой сообщений, а предназначенный исключительно для управления системой. Процессоры управления системой осуществляют мониторинг аппаратно-программного обеспечения, подключенного к сети, сбор информации о сбоях, управляют операциями по выходу из сбойных ситуаций, осуществляют динамическое управление ресурсами сети, контролируют санкционированность доступа к сети, работают с базами данных. Предусмотрена возможность использования нескольких процессоров управления системой со 100%-м резервированием, хотя пока используется только один, расположенный в Нидерландах (остальные - «горячий» резерв).

Транспортная сеть SWIFT - это общемировая сеть высокоскоростных линий передачи данных высокой емкости, использующих коммуникационный протокол Х.25 для передачи данных между пунктом доступа к сети и операционными центрами. Пользовательские терминалы соединяются с транспортной сетью SWIFT с помощью местных линий, которые подведены к работающим без участия людей пунктам доступа, называемым точками доступа SWIFT. Каждый пункт доступа оборудован коммутатором пакетов, разработанным для преобразования коммутационного протокола SWIFT в стандартный сетевой протокол Х.25. Оборудование дублировано, что важно для обеспечения отказоустойчивости системы, и контролируется из операционных центров. Сегодня у российских банков имеются две возможности доступа к сети: с использованием выделенных линий связи через московский пункт доступа (он находится в помещении Внешэкономбанка) и с использованием удаленных точек доступа и публичных сетей передачи данных. Предполагается переход к использованию линий связи с протоколом Х.25 - так называемых линий связи общего пользования, которые предоставляются в России компаниями «Совам Телепорт» и «Спринт». Эти шаги объясняются политикой постоянного снижения расценок, которую проводит общество. Переход к применению сетевого протокола Х.25 на сегменте сети, находящемся в сфере ответственности пользователя, позволит значительно сократить расходы пользователей сети. В свою очередь, московский пункт доступа практически достиг предела возможностей установленного на нем коммутационного оборудования. Централизованную схему подключения предполагается заменить на региональную с развертыванием новых пунктов доступа, которые будут иметь более низкий статус безопасности (SWIFT его будет только контролировать, но не нести юридической ответственности за качество работы). Московский пункт доступа после этого подлежит ликвидации.