В 1991 году бюджетная система Российской Федерации претерпела кардинальные изменения. До этого государственный бюджет Российской Федерации, как и других союзных республик, включался в государственный бюджет СССР, в котором отражались все бюджеты на территории страны, в том числе сельские и поселковые. Он состоял из союзного бюджета, государственных бюджетов 15 союзных республик и бюджета государственного социального страхования.

В соответствии с Законом РСФСР «Об основах бюджетного устройства и бюджетного процесса в РСФСР» от 10 октября 1991 года и рядом других законов и постановлений Правительства Российской Федерации государственная бюджетная система России было коренным образом перестроена и в настоящее время включает три звена:

республиканский бюджет Российской Федерации или федеральный бюджет;

бюджеты национально-государственных и административно-территориальных образований, к которым относятся республиканские бюджеты республик в составе Российской Федерации, краевые, областные бюджеты, бюджеты автономных областей, автономных округов и городские бюджеты Москвы и Санкт-Петербурга. Это бюджеты субъектов Федерации;

местные бюджеты.

Все эти бюджеты функционируют автономно. Местные бюджеты своими доходами и расходами не входят в бюджеты территорий, а последние не включаются в Федеральный республиканский бюджет.

Таким образом, структура бюджетной системы Российской Федерации приближена к структуре бюджетных систем западных стран.